La iglesia contaba con una gran nave cubierta y crucero, a la que se accedía a través de las portadas, una en el evangelio y la otra de los pies de la iglesia, con acceso bajo el coro, junto a la que se sitúa la torre. Tenía planta de cruz latina conformada por una gran nave y crucero. La primera, cubierta por artesonado a dos aguas con labores de lacería y bóveda de cañón en el presbiterio.

Esta construcción fue derribada en 1965 debido a la inminente ruina. En la nueva construcción se conservó el camarín de San Francisco de Paula con decoración de yeserías barrocas en su interior, tras el que se encuentra el panteón de la Casa de los Marqueses de Peñaflor, cuyo origen se remonta a la fundación del convento.

La portada del lado del Evangelio está realizada en torno a 1754-1757, utilizándose en su construcción jaspe y mármol blanco.

La torre fue realizada, según la casi ilegible lápida fundacional que a ella se adosa, entre los años de 1754 y 1757. Realizada en ladrillo, se aparta del resto de las torres barrocas ecijanas en cuanto a que el fuste se presenta decorado.

Fuente: Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico. Consejería de Educación, Cultura y Deporte.