La actual iglesia se construye en el mismo lugar que la antigua parroquia tras el derribo de esta que fue un edificio mudéjar de tres naves sobre pilares, con capilla mayor de planta poligonal y una torre-fachada de cantería. Este templo sufrió graves daños tras el terremoto de Lisboa de 1755.

El edificio, que está situado en la plaza principal, se encuentra exento como un volumen único del cual sobresalen del resto del caserío que le rodea sus elevados muros perimetrales, los tejados abuhardillados, la cúpula del crucero y la torre. Además de los valores históricos y artísticos que posee este conjunto edilicio, hay que considerar su importancia como elemento configurador de la trama urbana.

La Iglesia Parroquial de Peñaflor es de planta rectangular con testero plano. Cuenta con tres naves divididas en tres tramos y crucero, situándose el coro en el último tramo de la nave central. Las naves se encuentran separadas por arcos de medio punto que campean sobre pilares a los que se adosan pilastras toscanas.

La Iglesia cuenta con dos portadas situadas en las fachadas norte y sur. La portada de la fachada sur o del lado de la Epístola, pone en comunicación con la plaza mayor. Parte de un vano central adintelado y moldurado, flanqueado por columnas corintias sobre las que se dispone un entablamento muy movido con distintos niveles que porta en el centro un saliente circular, rematado por un frontón curvo partido con remate mixtilíneo.

La fachada norte o del Evangelio, presenta una composición semejante a la anterior. La diferencia radica en que se encuentra flanqueada por pilastras.

Fuente: Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico. Consejería de Educación, Cultura y Deporte.